He aquí otra gran similitud, ya que la estructura de ambos Tribunales es idéntica. Ambos están compuestos por tres órganos. El primero de ellos, es el constituido por sus dieciséis magistrados organizados en tres Salas de Primera Instancia, compuesta por tres magistrados cada una de ellas, y una Sala de Apelaciones compuesta por los siete magistrados restantes, y para cada apelación la Sala se compondrá de cinco de sus miembros. De común acuerdo, todos ellos, eligen a su Presidente (70). En la elección de los Magistrados interviene activamente la ONU ya que los mismos son elegidos por la Asamblea General, entre los preseleccionados por el Consejo de Seguridad, a partir de las propuestas de los distintos Estados miembros de la ONU. Su mandato dura cuatro años, y son reelegibles.

El segundo órgano es la Fiscalía, encargada del desarrollo de las investigaciones, y de la formalización y defensa de las actas de acusación.

Ambos Tribunales están interconectados ya que la Fiscalía y la Sala de Apelaciones son compartidas por ambos, evitando así criterios de investigación contrapuestos y líneas de jurisprudencia divergentes.

El tercer órgano es la Secretaría, encargada de la gestión administrativa, los aspectos de seguridad, el mantenimiento del Registro oficial del Tribunal y la tramitación de las notificaciones de éste, la asistencia a los demás órganos en todo lo relativo a la documentación, traducción y otros servicios, así como la edición de publicaciones y la información pública.