Como vimos, ambos Tribunales, tanto el de Nüremberg como el de Tokio, fueron denominados "Tribunales Militares Internacionales", pero los mismos no han sido verdaderamente internacionales en el sentido de representar a la Comunidad Internacional, sino que han sido internacionales sólo en la medida en que fueron creados por un acuerdo internacional, en el que sólo han sido parte los Estados victoriosos, que además juzgaron únicamente los crímenes cometidos por el enemigo vencido, lo que en definitiva constituyó su principal debilidad, tanto jurídica como moral. Por ello, para algunos, dichos tribunales han sido "multinacionales", es decir, meros órganos comunes de los Estados que los crearon (45).

Respecto de los mismos, se objetó principalmente tanto su legitimidad política, como su legitimidad jurídica. No constituyeron un verdadero órgano de jurisdicción internacional sino un Tribunal de las fuerzas aliadas de ocupación, una "justicia de los vencedores", ya que el Tratado de Londres se concluyó sin la participación de Alemania y además no se llevaron a cabo juicios por los crímenes de guerra cometidos por los Aliados.

En cuanto al carácter militar de los mismos, ninguno de los dos fue establecido por una autoridad militar y estuvieron compuestos principalmente por civiles.

La gran crítica que se les hace, se centra básicamente en haber infringido el principio de legalidad, ya que algunas de las conductas castigadas no constituían delito según el Derecho Nacional o Internacional vigente en el momento de su comisión.

Respecto a los crímenes de guerra, su noción ya estaba bastante pulida en esa época y existía una base jurídica segura fundamentada en el Derecho de La Haya de 1907.

Los actos tipificados en el crimen de lesa humanidad (como el homicidio, la tortura, la esclavitud, las violaciones etc), ya eran punibles en el Derecho interno de casi todos los Estados, al tiempo de su comisión. En este sentido no se criticó la punibilidad de estos hechos en si, sino su persecución como crímenes de lesa humanidad, y la criminalización de las conductas directamente a partir del Derecho internacional.

Lo endeble de la sentencia de Nüremberg, y su principal crítica, está constituido por la fundamentación de la punibilidad internacional de la guerra de agresión, que en esencia se fundamentó en el Tratado General de Renuncia a la Guerra de 27 de agosto de 1928 (conocido como pacto de Briand-Kellog), cuyo art. 1 condenaba el recurso a la guerra para resolver las controversias internacionales. Los 15 países signatarios renunciaban a la guerra "como instrumento de política nacional en sus relaciones mutuas" (46). Si bien el Tribunal fundamentó de modo convincente la antijuridicidad, que desde el punto de vista del Derecho internacional tenía la guerra de agresión, el salto de dicha antijuridicidad internacional de la guerra de agresión a su punibilidad hubiese, sin embargo, requerido de una mejor fundamentación.

Otras críticas se basan en que, además, se estableció retroactivamente que la obediencia debida no podía actuar como eximente, sino sólo como atenuante.

También se cuestiona el haber permitido la celebración de juicios in absentia e imponerse la pena de muerte.

Las críticas que se le hacen al Tribunal de Tokio son básicamente las mismas que las realizadas al Tribunal de Nüremberg, aunque muchas veces ha sido aún más criticado por el hecho de haber sido considerado por muchos como un mero instrumento de los EE.UU. para vengarse por el ataque a Pearl Harbour, o como un modo de justificar la utilización de armas nucleares en Japón (47).

Sin duda, el legado más importante de Nüremberg es el de marcar el cierre de una etapa histórica, la derrota del régimen nazi; pero al mismo tiempo posee el significado de dar comienzo a una nueva era del Derecho humanitario internacional y de la vigencia de los principios universales de los Derechos humanos.

Más allá de las críticas que puedan hacerse, hay que reconocerle al Tribunal la mención de las tres categorías de delitos enumeradas en los incisos a), b) y c) del art. 6 del Estatuto (jurisdicción material); a saber: crímenes contra la paz, crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad. Sin embargo, el término "Derechos humanos" no aparece mencionado en el Estatuto ni en los demás documentos del proceso, lo que indica que este concepto tal como lo conocemos hoy en día, no había ingresado en el ámbito del Derecho internacional, ni del penal.

Un ejemplo revelador de la inseguridad conceptual lo ofrece el escrito de acusación que confunde crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad. La misma sentencia subsume los crímenes contra la humanidad cometidos por los nazis en la categoría de crímenes de guerra. La importancia que se extrae, a pesar de esta "confusión", es que para el Derecho de guerra no interesaba lo que los nazis hacían con los propios ciudadanos alemanes, y es aquí dónde queda de manifiesto el avance de Nüremberg, ya que tibiamente se abrió paso la idea de que hay Derechos universales del hombre, que ningún gobierno puede violar libre e impunemente ya sea en tiempos de guerra, o de paz, sea en contra de sus propios ciudadanos, o de otra nación. Es aquí donde se ve el avance en términos de la jurisdicción material, en relación con el estatus anterior (48).

Estas "ambigüedades" marcaron el reto al que se enfrentó el Tribunal de Nüremberg, por ello, los recelos con que los jueces aplicaron la categoría de crímenes contra la humanidad estaban motivados en no querer aplicar normas que para los acusados no eran reconocibles, ni en violar el principio de nullum crimen sine previa lege. De alguna manera abrieron la puerta a esta nueva categoría de crímenes de lesa humanidad con independencia de situaciones de guerra, y que hoy en día no caben dudas de que son punibles (49).

No obstante, las decisiones de los Tribunales de Nüremberg y de Tokio fueron de vital importancia, ya que sirvieron para dejar en claro que la idea de una justicia penal internacional era factible para evitar la venganza y la impunidad; la primacía del Derecho internacional sobre el nacional; la posibilidad de la responsabilidad directa del individuo; que la ley internacional se aplica por igual a los individuos sin distinción en razón de la jerarquía político-militar para los crímenes internacionales; y la prohibición del ius ad bellum, del antiguo Derecho a la guerra, para resolver las controversias internacionales.